PCR實驗室設計規劃主要劃分區域：
PCR實驗室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產物分析等三或四個區域。只是使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區域即可。各區域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
PCR實驗室對污染的預防與控制：
PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
PCR實驗室功能區分為：一、普通實驗區——法醫物證常規檢驗室、法醫物證存儲室、受案室、檢材室、骨骼提取實驗室、數據比對分析室、緊急淋浴洗眼間、潔具間、洗衣間、測序儀專用UPS機房；
二、特殊實驗區 / 污染控制區——更鞋 / 緩沖走廊、更衣 / 緩沖間、現場物證DNA提取間（30-50㎡）、嫌犯血樣DNA提取間(15-30㎡）、試劑混配間(15-30㎡）、PCR擴增間(15-30㎡）、擴增產物測序間(15-30㎡）；
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